湖泊是河流径流流入低洼地（湖盆）聚集形成，根据径流流向可分为内陆湖、外流湖。内陆湖是河流的尾闾，一般有多条河流入汇，但没有出湖河流，形成独立的集水区域，如青海湖周边有近30条大小河流入汇，纳木错、色林湖、博斯腾湖、乌伦古湖等也属于内陆湖。外流湖与河流相通，既有入湖河流，也有出湖河流，如洞庭湖北连长江，南接湘、资、沅、澧4条河流；鄱阳湖上承赣、抚、信、饶、修5条河流，下通长江，河湖关系非常复杂。湖泊的水质、水量（水位）、水环境、水生态不但受气候变化、人类活动影响，更受到连通湖泊的河流影响。湖泊治理保护，既要考虑湖区，更要考虑出入湖泊的河流，需要进行系统谋划。

湖泊水域较为封闭，水体交换更新周期长，自我净化和修复能力弱，营养物质及污染物易富集、难清除。鄱阳湖在大型湖泊中水体交换是最快的，汛期水体更新一次需要2个月左右的时间，部分湖湾区域水体交换在300天以上；云南抚仙湖是典型的高原深水湖泊，换水周期长达160年。湖泊一旦遭受污染极难修复，日本的琵琶湖水污染治理长达30年，才将水质恢复到Ⅲ类；我国的太湖、滇池实施生态修复治理多年，湖泊水质改善缓慢。

很多湖泊对周边区域环境有一定的改善作用，是多种珍稀动植物的栖息地，具有难以替代的重要生态功能。洞庭湖每年有近300多种候鸟越冬，被誉为“候鸟天堂”；抚仙湖等云南高原湖泊，除给当地提供水资源保障外，还是当地多种珍稀动植物的栖息地；青海湖湖区植物超过500多种，斑头雁、大天鹅等鸟类接近200种，雪豹、普氏原羚等野生动物数十种，是高原生态物种库。但是，这些湖泊尤其是高原湖泊生态比较脆弱，一旦遭到破坏，生态将会急剧恶化，对保护生物多样性造成严重影响。

湖泊湖区平坦开阔，水流运动缓慢，具有较好的种植、养殖以及旅游开发价值。上世纪七十年代以来，一些地方围湖造田、围网养殖，湖区及入湖河流周边生产加工企业快速发展，在获取一定的经济收益的同时，也导致湖泊面积萎缩、水体质量恶化等生态环境问题，湖体自我调节和净化能力明显下降，湖区水体严重富营养化，一些珍惜生物栖息地遭到破坏，生态功能衰退。跨行政区域的湖泊，由于管理保护责任界定难，行政边界断面监测难度大，更容易出现“公地悲剧”。 

针对湖泊特点，在设立湖长时更加强调综合协调职责，构建党政同责的责任体系，按照湖泊地位和作用分层次设立湖长。各省（自治区、直辖市）行政区域内主要湖泊，跨省级行政区域且在本辖区地位和作用重要的湖泊，由省级负责同志担任湖长。跨地级行政区域的湖泊，原则上由省级负责同志担任湖长；跨县级行政区域的湖泊，原则上由市地级负责同志担任湖长。同时，湖泊所在市、县、乡要按照行政区域分级分区设立湖长，实行网格化管理。

跨行政区的湖泊，湖内水体交换频繁，相关责任不易确定，在开展湖泊综合整治及执法时，易出现“死角”。因此，中央文件明确：湖泊最高层级的湖长是第一责任人，对湖泊的管理保护负总责。其他各级湖长负责辖区内湖泊治理保护工作，落实湖泊治理保护的各项措施，组织开展湖泊执法，依法组织整治围垦湖泊、侵占水域、超标排污、违法养殖、非法采砂等突出问题，组织开展湖泊日常巡查与保洁，切实改善和维护湖泊良好生态环境。

针对湖泊特点及存在的突出问题，中央文件坚持目标导向、问题导向，明确实施湖长制的各项任务。实行最严格的湖泊水域空间管控，逐步恢复湖泊的生态空间。针对一些地方的围湖造田、围湖造地以及占用湖泊水域空间等屡禁不止的问题，中央文件明确：严禁以任何形式围垦湖泊、违法占用湖泊水域。在湖泊治理保护方面，要求各地区各有关部门依法划定湖泊管理范围，严格控制开发利用行为，将湖泊及其生态缓冲带划为优先保护区，依法落实相关管控措施。针对湖泊污染和富营养化问题，要求严格按照限制排污总量控制入湖污染物总量、设置并监管入湖排污口。同时，加强对湖区周边及入湖河流工矿企业污染、城镇生活污染、畜禽养殖污染、农业面源污染、内源污染等综合防治。

湖泊的问题在水里，根子在岸上。湖泊管理保护涉及多个部门，在各级湖长牵头协调下，制定形成整体方案，按照各部门分工落实措施，形成工作合力。要强化规划指导和约束，一些湖泊特别是大型湖泊，江湖关系复杂，湖泊治理保护要与流域规划相协调，统筹好整体与片区、河流与湖泊保护关系；综合考虑水利、环保、国土、农（渔）业、林业等部门治理任务，系统推进湖泊保护和水生态环境改善。科学编制“一湖一策”，做好湖泊与入湖河流治理目标及措施的衔接，体现对入湖河流在水资源开发利用及污染物控制等方面的要求，在治理措施及时间进度等安排上统筹推进、有序实施。

按照湖长制文件要求，各地区要建立健全考核问责机制，县级及以上湖长负责组织对相应湖泊下一级湖长进行考核，考核结果作为地方党政领导干部综合考核评价的重要依据。实行湖泊生态环境损害责任终身追究制，对造成湖泊面积萎缩、水体恶化、生态功能退化等生态环境损害的，严格按照有关规定追究相关单位和人员责任。

按照湖长制制度设计，“湖泊最高层级的湖长是第一责任人，对湖泊的管理保护负总责”。最高层级湖长应履职尽责，组织湖泊所在行政区做好湖泊保护治理各项工作，对于突出问题，编制“一湖一策”，细化各部门各区域的治理措施，逐级压实责任传导机制，确保能落地见效。对于大型湖泊或者重要敏感湖泊，应组织编制湖泊治理保护综合规划，做好顶层谋划和分期实施安排，开展系统治理，实现标本兼治。加大宣传引导，鼓励公众参与湖泊治理保护，形成社会共治氛围。对跨省级行政区的湖泊，强化流域管理机构的综合协调和流域统筹作用，加强对湖泊治理保护工作的监督检查和监测评估。

按照全面推行河长制湖长制要求，各级河长湖长要做好统筹衔接，在湖泊治理保护时将湖泊与入湖河流统筹考虑，统一谋划、统一部署、统一推进、统一实施、统一督察、统一考核，确保湖长制与河长制工作同时推进、同步见效。对湖泊水体更新周期长、生态敏感脆弱的湖泊，采取最严厉的保护措施，严格控制入湖河流的污染物总量。对于高原湖泊或者内流河的尾闾湖泊，以流域为单元，按照山水林田湖草沙系统治理思路，综合施治，复苏湖泊生态环境，维护湖区良好生态功能。

全面推行河湖长制以来，各地采取综合措施，治理湖泊长期积累的“顽疾”，取得显著效果。如太湖，通过引江增加水体流动性、底泥清淤、清藻除草等治理措施，水质显著改善。截至2022年底，通过望虞河“引江济太”调引长江水入太湖154.13亿m3，调水出湖123.42亿m3，太湖平均换水周期从308天缩短至140天。同时，湖区实施清淤和蓝藻打捞工程，2007年—2022年无锡累计打捞蓝藻2055万t、完成生态清淤3062万m3。《关于在湖泊实施湖长制的指导意见》明确湖长制的6项任务包括：严格湖泊水域空间管控、强化湖泊岸线管理保护、加强湖泊水资源保护和水污染防治、加大湖泊水环境综合整治力度、开展湖泊生态治理与修复和健全湖泊执法监管机制。这些任务在实际执行中参差不齐，当前侵占湖泊水域空间、湖泊生态流量保障不足、入湖河流污染物超标等问题依然突出，已经遭到破坏的湖泊生态修复任务依然艰巨，需要各级湖长特别是湖泊最高层级的湖长发挥抓总抓落实的作用，确保湖长制各项任务落地见效。