在河湖长制背景下，河湖健康评价的主体是各级河长制工作领导小组办公室(以下简称“河长办”)。河湖健康评价的对象既是河湖，又隐含着河长湖长，即评价的既是河湖健康状况，又是河长湖长履职成效。因此，评价范围应实现各级河长湖长全覆盖。在评价层级上，一般应本着上级评价下级的原则，如中央评省级、省级评市级，但也可根据需要开展自评。考虑到人力、财力、时间等成本问题，要实现河湖健康评价全覆盖不太现实，因此可以结合河湖长制考核等工作需要，采取抽评的方式。比如，中央要对各省的河湖健康情况进行评价，可以在各省随机抽取2～3个省级河长所负责的河流，先对流经所有市级河段及县级河段进行分段评价，再逐级汇总得出整条河流的评价结果;也可以在各省的省、市、县各级分别选择不同水系的河流或河段进行评价，并加权汇总得出各省河湖健康评价得分。

过去开展的河湖健康评价侧重河湖生态属性和功能属性，主要从水文水资源、物理结构、水质、水生物、社会服务功能等维度选择评价指标，制定赋分规则，对河湖进行“体检”打分。在河湖长制背景下，为更好地与河湖长制考核等工作相衔接，地方在开展河湖健康评价时，除了参考《指南》明确的必选指标和备选指标外，还可以根据水资源保护、水污染防治、水环境治理等河湖长制主要任务，选取一些能够反映河湖管理成效的评价指标，如限制排污总量是否超标，排污口设置是否违规，是否存在违规取水、无证取水现象，是否存在“四乱”、黑臭水体、畜禽养殖污染、水产养殖污染、农业面源污染等。此外，河湖健康评价的指标选择应本着降低难度、突出实用、节约成本等原则，尽可能地选取数据易获取、易赋分的指标，并在赋分时尽可能使用相对值以体现河湖管理的成效。